Rui Cabral Lopes concluiu o Curso Geral de Composição no Conservatório de Música do Porto. É licenciado em Ciências Musicais pela Universidade Nova de Lisboa e obteve, nesta instituição, o mestrado na especialidade de Musicologia Histórica. Como bolseiro da Fundação para a Ciência e a Tecnologia, concluiu, em 2007, o doutoramento em Música e Musicologia na Universidade de Évora, sob a orientação científica de Rui Vieira Nery.
Colaborou com o semanário O Independente e com a Rádio Difusão Portuguesa, «Rádio Cultura». Foi investigador do Centro de Estudos Musicológicos da Biblioteca Nacional de Lisboa e integrou o Gabinete de Apoio Técnico do Serviço de Música da Fundação Calouste Gulbenkian. Exerceu funções de diretor-adjunto e editor da Revista Portuguesa de Musicologia, publicada pela Associação Portuguesa de Ciências Musicais.
É autor de vários artigos sobre música portuguesa publicados em revistas, obras coletivas e dicionários da especialidade, destacando-se os seguintes: «Ensaya a dança, y prosigue: ethnicity and “exoticism” in the villancicos de negros of the Portuguese Royal Chapel, during the seventeenth-century» in Maria Alice Volpe, ed., Revista Brasileira de Música, vol. 30 n.º 1 (2017); «O vilancico no reinado de D. João V: entre a persistência do costume e a mudança de paradigmas litúrgico-musicais» in João Pedro d’Alvarenga e Manuel Deniz Silva, eds., Revista Portuguesa de Musicologia, Nova Série, vol. 1 n.º 1 (2014); «O repertório de vilancicos da Capela Real portuguesa (1640-1716): vetores sociolinguísticos, implicações musicais e representação simbólica do poder régio» in Maria Alice Volpe, ed., Revista Brasileira de Música, vol. 25 n.º 2 (2013); «Arquivos e Acervos – Música Erudita Profana», «Carneiro, Cláudio (Pinto de Queiroz Teixeira)», «Duarte, Filipe», «Grupo de Música Contemporânea de Lisboa» (co-autoria com Catarina Latino) e «Lambert, Lucien» in Salwa El-Shawan Castelo-Branco, coord., Enciclopédia da Música em Portugal no Século XX (2010); «A polifonia na liturgia bracarense (primeira metade do século XVI)», co-autoria com João Pedro d’Alvarenga, in Manuel Pedro Ferreira, coord., A Catedral de Braga (2009); «Religiosity, power and aspects of social representation in the villancicos of the Portuguese Royal Chapel» in Tess Knighton e Álvaro Torrente, eds., Devotional Music in the Iberian World, 1450-1800 – The villancico and related genres (2007 / Prémio Stevenson – American Musicological Society, 2008).
Apresentou comunicações no âmbito de congressos de musicologia realizados em instituições nacionais e estrangeiras (Fundação Calouste Gulbenkian, Universidade de Évora, Universidade Nova de Lisboa, Casa da Música, Universidade Internacional de Andaluzia, University of Leeds, University of Southampton e Università degli studi di Pavia).
Desempenha funções docentes na Academia Nacional Superior de Orquestra e na Universidade Lusíada de Lisboa. É investigador integrado do INET-MD, Instituto de Etnomusicologia – Centro de Estudos de Música e Dança da Universidade Nova de Lisboa, com polos Universidade de Lisboa, Universidade de Aveiro e Instituto Politécnico do Porto. Integra, igualmente, a equipe internacional responsável pelo Catálogo descriptivo de pliegos de villancicos, projeto sediado na Universidad Complutense de Madrid e financiado pelo Ministerio de Ciencia e Innovación, Gobierno de España.