João Malha concluiu a licenciatura em Direção de Orquestra de Sopros na Escola Superior de Música de Lisboa, orientado pelo professor e maestro Alberto Roque, assim como o Mestrado em Música e Mestrado em Ensino da Música, ambos com especialização em Direção de Orquestra e com o professor e maestro Jean-Marc Burfin, na mesma instituição.
É professor e maestro da Orquestra Clássica e da Orquestra de Sopros da Escola Profissional Metropolitana, maestro titular da Orquestra Médica de Lisboa, e ainda maestro e Diretor Artístico da Banda da Sociedade Filarmónica 1.º de Dezembro do Montijo. Foi também maestro da Orquestra Zana Batuta entre 2019 e 2022, e maestro convidado da Associação Setúbal Voz do compositor e maestro Jorge Salgueiro, onde dirigiu uma produção da ópera Carmen, e ainda a estreia da ópera 1911, A Conspiração da Igualdade do pianista, compositor e maestro António Victorino d’Almeida.
Em 2019, foi selecionado como maestro participante na Internationale Sommerakademie Mozarteum em Salzburgo, sob orientação do maestro Bruno Weil. Em 2022, foi também selecionado para participar no Concurso Prémio Jovens Músicos na categoria de Direção de Orquestra. Em 2024, foi semifinalista na 3.ª edição do Concurso Frederick Fennell Conducting Competition”
Como compositor, é vencedor de vários prémios, entre os quais o 2.º Prémio no VI Concurso Nacional de Composição Banda Sinfónica Portuguesa em 2018, o 1.º Prémio na 7.ª edição do Concurso de Composição para Orquestra de Sopros (Fundação INATEL e Banda Sinfónica do Exército) em 2019, o 1.º Prémio no V Concurso de Composição da WASBE (Categoria II), na conferência deste ano na Coreia do Sul, e o 2.º Prémio na 3.ª edição do concurso de composição Saxony Dresden, na Alemanha.