Nasceu em 1962 nos Estados Unidos da América. Frequentou a Universidade da Califórnia, em Berkeley, onde estudou violino com Jenny Rudin e viola com Bernard Zoslav e Lilian Fuchs. Os seus professores de Música de Câmara incluíram, entre outros, membros do Guaneri Quartet, America Quartet, Cleveland Quartet, Zoltan Szekely do Hungaria Quartet, Colin Hampton do Griller Quartet e Quarteto Amadeus.
Licenciou-se na Manhattan School of Music, em Nova Iorque, e recebeu o Prémio de Excelência de Música de Câmara Hugo Kotschalk. Integrou o Quarteto Myriad (vencedor do Prémio Carmel Chambermusic em 1991) com o qual gravou para a rádio, foi fundador de Cypress String Quartet e participou em vários concertos nos Estados Unidos. Tem uma vasta experiência de música de câmara, incluindo atuações com Arthur Balsam, António Rosado, António Saiote, Paulo Gaio Lima, entre outros.
Paul Wakabayashi participou em Festivais em Aspen e Taos nos EUA e em Banff (Canadá). Exerceu as funções de diretor de orquestra durante o Ashland Shakespeare Festival, no Oregon, em 1990.
Atualmente é professor da Academia Nacional Superior de Orquestra, leciona também na Faculdade de Évora e integra o Quarteto Lacerda.