Nascido em Arrentela (1986), concelho de Seixal, iniciou a sua aprendizagem em percussão na Escola de Música da Sociedade Filarmónica União Arrentelense. Prosseguiu os estudos musicais na Escola Profissional de Música e Artes de Almada, na Escola Artística de Música do Conservatório Nacional e na Escola Superior de Música de Lisboa. É licenciado pela Universidade de Évora, na classe do Professor Soutor Eduardo Lopes; mestre em Música e Ensino da Música pela Escola Superior de Música de Lisboa, sob a orientação dos professores Pedro Carneiro e Richard Buckley; e frequenta atualmente o programa de doutoramento em Música e Musicologia da Universidade de Évora.
É um dos percussionistas portugueses mais ativos e versáteis da sua geração, focando-se particularmente no repertório de música de câmara. Colabora regularmente com as seguintes formações: Orquestra Metropolitana de Lisboa, Orquestra Gulbenkian, Orquestra Sinfonietta de Lisboa, Lisbon Film Orchestra, Ensemble D’Arcos, Ensemble Mediterrain e Lisbon Ensemble 20/21, entre outros.
Enquanto solista, apresentou-se com a Orquestra Metropolitana de Lisboa, a Orquestra Gulbenkian, a Banda Sinfónica da Polícia de Segurança Pública e a Banda de Música da Força Aérea Portuguesa, entre outros agrupamentos. Das diversas obras que lhe foram dedicadas, destacam-se Gamala, concerto para percussão e orquestra de sopros de Lino Guerreiro (2012), e o Concerto para Beleza e Vibrafone de Jorge Salgueiro (2015). Gravou recentemente o seu primeiro trabalho discográfico a solo Canções da Liberdade.
É atualmente Professor Coordenador na Metropolitana e Professor Adjunto Convidado na Escola Superior de Música de Lisboa. É também Diretor Artístico do grupo de percussão Percussões da Metropolitana e Presidente do Júri do Concurso Internacional de Percussão da Beira Interior.
Marco Fernandes toca exclusivamente com baquetas e instrumentos das marcas Majestic Percussion, Vic Firth e Zildjian Company.